Dendrograma: Dendrograma

Description

Esta funcao retorna a figura do Dendrograma, distancias feneticas e correlacao cofenetica.

Usage

Dendrograma(Dissimilaridade,
                  Metodo=3,
                  layout=2,
                  nperm=999,
                  Titulo="",
                  corte="Mojena1")

Value

A funcao retorna o Dendrograma, distancias feneticas e correlacao cofenetica.

Arguments

Dissimilaridade

Matriz contendo a estimativa das distancias entre tratamentos.

Metodo

Valor numerico indicando o metodo a ser utilizado:

1 = Ligacao simples (Metodo do vizinho mais proximo).
2 = Ligacao completa (Metodo do vizinho distante).
3 = Ligacao media entre grupo (UPGMA).
4 = Metodo de Ward.
5 = Metodo de Ward (d2).
6 = Metodo da mediana (WPGMC).
7 = Metodo do centroide (UPGMC).
8 = Metodo mcquitty (WPGMA).

layout

Deve ser um numero variando de 1 a 10. Para cada numero teremos um layout diferente.

nperm

Numero de permutacoes do teste mantel para testar a significancia pelo teste Mantel.

Titulo

Texto com o titulo a ser apresentado no grafico

corte

Indica a metodologia considerada para estabelecer a linha de corte no Dendrograma:

FALSE = Indica que o ponto de corte nao sera apresentado.
Mojena1 = Coeficiente de mojena considerando o K=1.25.
Mojena2 = Coeficiente de mojena considerando o K=2.00.
Cindex = Considera o metodo Cindex para determinar o numero de clusters.
Frey = Considera o metodo Frey para determinar o numero de clusters.
Mcclain = Considera o metodo Frey para determinar o numero de clusters.
Dunn = Considera o metodo Dunn para determinar o numero de clusters.
Numeric= Valor numerico indicando onde se deseja plotar a linhade corte.

References

PlayList "Curso de Analise Multivariada": https://www.youtube.com/playlist?list=PLvth1ZcREyK72M3lFl7kBaHiVh5W53mlR

CRUZ, C.D. and CARNEIRO, P.C.S. Modelos biometricos aplicados ao melhoramento genetico. 3nd Edition. Vicosa, UFV, v.2, 2014. 668p. (ISBN: 8572691510)

FERREIRA, D.F. Estatistica Multivariada. (2018) 3ed. UFLA. 624p. (ISBN 13:978 8581270630)

HAIR, J.F. Multivariate Data Analysis. (2016) 6ed. Pearson Prentice HalL. (ISBN 13:978 0138132637)

MOJENA, R. Hierarquical grouping method and stopping rules: an evaluation. Computer Journal, v.20, p.359-363, 1977.

Examples

Run this code

 # \donttest{
data(Dados.MED)
rownames(Dados.MED)=paste0("Treatment ",1:10)
Dist=Distancia(Dados.MED,2)
Dendrograma(Dist,Metodo = 2)
Dendrograma(Dist,2,layout =1,corte = "Mojena2")
Dendrograma(Dist,2,layout =2,corte="Cindex")
Dendrograma(Dist,2,layout =3,corte="Frey")
Dendrograma(Dist,2,layout =4,corte="Mcclain")
Dendrograma(Dist,2,layout =5,corte="Dunn")
Dendrograma(Dist,2,layout =6)
Dendrograma(Dist,2,layout =7,corte=3)
Dendrograma(Dist,2,layout =8)
Dendrograma(Dist,2,layout =9)
Dendrograma(Dist,2,layout =10,corte=2)
# }