It may be desired to shift the baseline signal (0 for absorbance or 100 for transmittance) to aid in plotting the spectra. This can be done for all samples or a subset, using the same shift for all adjusted samples or calculated individually.
Recalculate or shift to baseline/max transmittance can be done following one of a few methods:
To shift baseline based on the value at a given wavenumber:
recalculate_baseline(ftir, wavenumber_range = [numeric], method = 'point')
To shift baseline based on the average value across a provided wavenumber range:
recalculate_baseline(ftir, wavenumber_range = c([numeric], [numeric]), method = 'average')
To shift baseline based on the value at the single lowest point of absorbance
(or highest point of transmittance) across the whole spectra
recalculate_baseline(ftir, method = 'minimum')
To shift baseline based on the value at the single lowest point of absorbance
(or highest point of transmittance) in a given range
recalculate_baseline(ftir, wavenumber_range = c([numeric], [numeric]), method = 'minimum')
To perform the exact same baseline adjustment on all samples, specify
individually = FALSE. To adjust with a unique determination for each
sample, specify individualy = TRUE.
Il peut être souhaitable de décaler le signal de la ligne de base (0 pour l'absorbance ou 100 pour la transmittance) pour faciliter le tracé des spectres. Cela peut être fait pour tous les échantillons ou un sous-ensemble, en utilisant le même décalage pour tous les échantillons ajustés ou calculés individuellement.
Le recalcul ou le décalage de la ligne de base/transmittance maximale peut être effectué en suivant l'une des méthodes suivantes :
Pour décaler la ligne de base en fonction de la valeur à un nombre d'ondes donné :
recalculate_baseline(ftir, wavenumber_range = [numeric], method = 'point')
Pour décaler la ligne de base en fonction de la valeur moyenne sur un nombre
d'ondes donné : #' recalculate_baseline(ftir) = [numerique], method = 'point') recalculate_baseline(ftir, wavenumber_range = c(numeric, numeric),
method = 'average')`
Pour décaler la ligne de base en fonction de la valeur du point d'absorbance
le plus bas (ou du point de transmittance le plus élevé) sur l'ensemble des spectres.
recalculate_baseline(ftir, method = 'minimum')
Décaler la ligne de base en fonction de la valeur du point d'absorbance le
plus bas (ou du point de transmittance le plus élevé) dans une gamme donnée.
recalculate_baseline(ftir, wavenumber_range = c([numeric], [numeric]), method = 'minimum')
Pour effectuer exactement le même ajustement de la ligne de base sur tous
les échantillons, spécifiez individually = FALSE. Pour ajuster avec une
détermination unique pour chaque échantillon, spécifiez individualy = TRUE.
recalculate_baseline(
ftir,
sample_ids = NA,
wavenumber_range = NA,
method = "average",
individually = TRUE
)A data.frame containing the adjusted FTIR spectra.
Un data.frame contenant les spectres IRTF ajustee.
A data.frame of FTIR spectral data including spectra to be baseline adjusted.
Un data.frame de données spectrales IRTF comprenant les spectres à ajuster à la ligne de base.
A vector of sample IDs to be adjusted. All sample IDs must
be present in the ftir data.frame. If adjusting all spectra, provide NA
or NULL. Unlisted sample_id from ftir will be left alone.
Un vecteur d'ID d'échantillons à ajuster Tous les ID d'échantillons doivent
être présents dans la base de données ftir data.frame. Si l'ajustement
concerne tous les spectres, fournir NA ou NULL. Les sample_id non listés
de ftir seront laissés seuls.
If specifying a single point wavenumber; a single numeric value. If specifying a wavenumber range, then a vector of two numeric values.
Si l'on spécifie un nombre d'ondes ponctuel, une seule valeur numérique. Si l'on spécifie un nombre d'ondes, alors un vecteur de deux valeurs numériques.
One of three values:
If adjusting by the value from a specific wavenumber, provide "point",
If adjusting by the average from a range, provide "average".
If adjusting by the minimum (for absorbance) or maximum (for transmittance) from a range or spectra, provide "minimum" or "maximum", the appropriate transformation will be performed based on spectra type.
Une des trois valeurs :
Si l'ajustement se fait par la valeur d'un nombre d'ondes spécifique, fournir "point",
Si l'ajustement se fait par la moyenne d'une gamme, fournir "average".
Si l'ajustement se fait par le minimum (pour l'absorbance) ou le maximum (pour la transmittance) d'une gamme ou de spectres, indiquez "minimum" ou "maximum", la transformation appropriée sera effectuée en fonction du type de spectre.
If adjusting all samples by the same amount, specify
TRUE, else specify FALSE for unique adjustments. When TRUE, the
smallest absolute individual sample adjustment to achieve baseline will be
applied to all named samples.
Si vous ajustez tous les échantillons de la même manière, spécifiez TRUE,
sinon spécifiez FALSE pour des ajustements uniques. Si TRUE, le plus
petit ajustement absolu d'un échantillon individuel pour atteindre la ligne
de base sera appliqué à tous les échantillons nommés.
# Adjust the biodiesel spectra to minimum for each sample
recalculate_baseline(biodiesel, method = "minimum", individually = TRUE)
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