SARP.moodle (version 1.2.3)

inserer_SMILES.moodle: Insérer une formule chimique, comme image, grâce à openbabel

Description

Cette fonction permet de convertir une formule chimique définie par un code SMILES en une image prête à insérer dans un texte.

Usage

inserer_SMILES.moodle( code.SMILES, nom.molecule = code.SMILES,
                       largeur = 300, hauteur = 300,
                       couleur.atomes = TRUE,
                       couleur.fond = NA,
                       couleur.liaisons = NA,
                       double.liaisons.asymetrique = FALSE,
                       masquer.terminaux = TRUE,
                       dessiner.CH = FALSE,
                       marges = FALSE,
                       cmd.obabel = "obabel " )

Value

Une chaîne de caractère contenant le code XML nécessaire pour inclure une image (contenant la formule créée), et qu'elle soit incluse au fichier XML au moment de la création de la question.

Arguments

code.SMILES

Une chaîne de caractères contenant le code SMILES à convertir.

nom.molecule

Une chaîne de caractère qui sera utilisée comme description de l'image, dans le code HTML produit pour Moodle.

largeur, hauteur

Les dimensions de l'image, en pixels

couleur.atomes

Faut-il utiliser le code couleur habituel pour indiquer les atomes? (Option “-xu” d'open babel.)

couleur.fond

Couleur à utiliser pour le fond de l'image (Option “-xb” d'open babel; NA: fond par défaut.)

couleur.liaisons

Couleur à utiliser pour les liaisons chimiques (NA: fond par défaut d'open babel)

double.liaisons.asymetrique

Option “-xs” d'open babel.

masquer.terminaux

Faut-il afficher en toutes lettres les méthyles terminaux? (Option “-xC” d'open babel.)

dessiner.CH

Faut-il afficher en toutes lettres les atomes de carbone? (Option “-xa” d'open babel.)

marges

Si FALSE, les marges autour de la formule sont éliminées (option “-xm” d'open babel). Comme les marges dépendent aussi des dimensions d'image demandées et de la formule créée, open babel peut laisser des marges assez grandes malgré tout, aussi l'image est rognée grâce à l'utilitaire “convert” (option “-trim”), qui doit donc aussi être installé et exécutable par R.

cmd.obabel

Une chaîne de caractères indiquant la commande à utiliser pour lancer open babel

Author

Emmanuel Curis

Details

Cette fonction permet de créer une image d'une formule chimique semi-développée, à partir du code SMILES correspondant.

La conversion est faite avec open babel, qui doit être installé et exécutable par R pour que la conversion puisse avoir lieu. Par défaut, pour ne pas avoir de marges, l'utilitaire convert est aussi utilisé.

See Also

inserer_formule.moodle pour convertir un code latex en une formule mathématique et l'insérer dans une question Moodle.

lier_image.moodle pour insérer une image quelconque.

Examples

  # Création d'une question demandant quelle est la formule du benzène.
  #  (Non exécuté car open babel et convert non nécessairement installés)
if (FALSE) {
  # Commencer un nouveau questionnaire
  q <- debuter_xml.moodle( "benzene" )

  # Catégorie : exemples
  categorie.moodle( "Exemples SARP/SMILES" )

  # Le format par défaut, avec deux bonnes réponses et trois mauvaises,
  qcm.moodle( "Quelle est la formule du benzène ?",
              inserer_SMILES.moodle( "c1ccccc1" ),
              inserer_SMILES.moodle( "C1CCCCC1" ) )

  # On termine le questionnaire
  finir_xml.moodle( )

  # Importez le fichier benzene.xml dans Moodle pour voir le résultat...
  print( "Importez le fichier benzene.xml dans Moodle pour voir le résultat..." )
}