ciecl

Grupo de Ciencia de Datos para la Salud Publica | Universidad de Chile

Clasificacion Internacional de Enfermedades (CIE-10) oficial de Chile para R.

Paquete especializado para busqueda, validacion y analisis de codigos CIE-10 en el contexto chileno. Incluye 39,873 codigos (categorias y subcategorias) del catalogo oficial MINSAL/DEIS v2018, con busqueda optimizada, calculo de comorbilidades y acceso a la API CIE-11 de la OMS.

Finalidad

ciecl facilita el trabajo con codigos CIE-10 en investigacion y analisis de datos de salud en Chile, eliminando la necesidad de manipular archivos Excel manualmente y proporcionando herramientas especializadas para:

• Validacion rapida de codigos diagnosticos
• Busqueda tolerante a errores (fuzzy search)
• Calculo automatico de indices de comorbilidad (Charlson, Elixhauser)
• Consultas SQL optimizadas sobre mas de 39 mil codigos
• Expansion de categorias a subcategorias (ej: E11 -> E11.0, E11.1, ..., E11.9)

Por que usar ciecl

Ventajas:

1. Rendimiento: Base de datos SQLite con FTS5 (Full-Text Search) - busquedas 100x mas rapidas que Excel
2. Integracion nativa: Funciona directamente en R sin dependencias externas pesadas
3. Fuzzy search: Encuentra "neumonia bactereana" aunque este mal escrito (tolera errores tipograficos)
4. Validacion vectorizada: Procesa miles de codigos en milisegundos
5. Normalizacion automatica: Acepta E110, E11.0, e11.0 indistintamente
6. Sin errores de encoding: Los archivos XLSX tienen problemas con tildes y n en diferentes sistemas
7. Reproducibilidad: Version controlada del catalogo CIE-10 (no cambia entre computadores)
8. Comorbilidades predefinidas: Mapeos Charlson/Elixhauser listos para usar
9. API CIE-11: Acceso directo a la clasificacion internacional actualizada
10. Cache inteligente: Guarda consultas frecuentes para mayor velocidad

Ejemplo comparativo:

# Con XLSX (lento, manual, propenso a errores)
library(readxl)
cie10 <- read_excel("CIE-10.xlsx")
diabete_codes <- cie10[grepl("diabetes", tolower(cie10$descripcion)), ]

# Con ciecl (rapido, robusto, con cache)
library(ciecl)
diabete_codes <- cie_search("diabetes")

Caracteristicas principales

• 39,873 codigos CIE-10: Catalogo oficial MINSAL/DEIS v2018 completo
• Busqueda fuzzy: Algoritmo Jaro-Winkler para tolerar errores de escritura
• SQL directo: Acceso completo a la base de datos para consultas complejas
• Vectorizacion: Procesa miles de codigos simultaneamente
• Cache SQLite: Almacena resultados frecuentes para consultas instantaneas
• Comorbilidades: Mapeos validados de Charlson y Elixhauser
• Expansion jerarquica: Obtiene todos los subcodes de una categoria
• API CIE-11: Busqueda en la clasificacion internacional actualizada (OMS)
• Dependencias minimas: Solo 8 paquetes obligatorios para funcionalidad core

Instalacion

Todas las plataformas (Windows, macOS, Linux)

# Desde GitHub
# install.packages("pak")
pak::pak("RodoTasso/ciecl")

# Alternativa con devtools
devtools::install_github("RodoTasso/ciecl")

# Instalacion completa (incluye paquetes opcionales)
pak::pak("RodoTasso/ciecl", dependencies = TRUE)

Requisitos del sistema por plataforma

Windows

No requiere dependencias adicionales del sistema. La instalacion funciona directamente.

macOS

Asegurate de tener las Xcode Command Line Tools instaladas:

xcode-select --install

Linux (Ubuntu/Debian)

# Dependencias para compilar paquetes R
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y \
  r-base-dev \
  libcurl4-openssl-dev \
  libssl-dev \
  libxml2-dev

Linux (Fedora/RHEL/CentOS)

sudo dnf install -y \
  R-devel \
  libcurl-devel \
  openssl-devel \
  libxml2-devel

Nota: El paquete tiene dependencias minimas para funcionalidad core. Paquetes adicionales solo se requieren para funciones especificas. Ver DEPENDENCIAS.md para detalles.

Uso rapido

library(ciecl)

# Busqueda exacta (soporta multiples formatos)
cie_lookup("E11.0")   # Con punto
cie_lookup("E110")    # Sin punto
cie_lookup("E11")     # Solo categoria

# Vectorizado - multiples codigos
cie_lookup(c("E11.0", "I10", "Z00"))

# Con descripcion completa formateada
cie_lookup("E110", descripcion_completa = TRUE)

# Extraer codigo de texto con prefijos/sufijos (solo codigo escalar)
cie_lookup("CIE:E11.0", extract = TRUE)       # Retorna E11.0
cie_lookup("E11.0-confirmado", extract = TRUE) # Retorna E11.0
cie_lookup("dx-G20", extract = TRUE)          # Retorna G20
# Nota: extract=TRUE solo funciona con códigos escalares, use FALSE para vectores

# Fuzzy search con errores tipograficos
cie_search("diabetis mellitus")  # Encuentra "diabetes mellitus"

# Busqueda por siglas medicas (88 siglas soportadas)
cie_search("IAM")   # Infarto Agudo del Miocardio
cie_search("TBC")   # Tuberculosis
cie_search("DM2")   # Diabetes Mellitus tipo 2
cie_search("EPOC")  # Enfermedad Pulmonar Obstructiva Cronica
cie_search("HTA")   # Hipertension Arterial

# Ver todas las siglas disponibles
cie_siglas()

# SQL directo
cie10_sql("SELECT * FROM cie10 WHERE codigo LIKE 'E11%' LIMIT 3")

# Comorbilidades (requiere: install.packages("comorbidity"))
df %>% cie_comorbid(id = "paciente", code = "diagnostico", map = "charlson")

Configuracion CIE-11 (opcional)

Para usar cie11_search() y acceder a la clasificacion internacional actualizada, necesitas credenciales gratuitas de la OMS:

Paso 1: Obtener credenciales

1. Visita https://icd.who.int/icdapi
2. Registrate con tu email (proceso gratuito)
3. Obtendras un Client ID y Client Secret

Paso 2: Configurar en R

Opcion A: Variable de entorno (recomendado)

Crea un archivo .Renviron en tu directorio de trabajo o home:

# En .Renviron
ICD_API_KEY=tu_client_id:tu_client_secret

Opcion B: En cada sesion

Sys.setenv(ICD_API_KEY = "tu_client_id:tu_client_secret")

Paso 3: Usar CIE-11

library(ciecl)

# Buscar en CIE-11 (requiere httr2)
cie11_search("diabetes mellitus", max_results = 5)
#> # A tibble: 5 x 3
#>   codigo  titulo                                    capitulo
#>   <chr>   <chr>                                     <chr>
#> 1 5A14    Diabetes mellitus, tipo no especificado   05
#> 2 5A11    Diabetes mellitus tipo 2                  05
#> 3 5A10    Diabetes mellitus tipo 1                  05

Nota: CIE-11 es opcional. Todas las funciones core (CIE-10) funcionan sin API key.

Datos

Basado en el catalogo oficial CIE-10 MINSAL/DEIS v2018:

• Fuente: Departamento de Estadisticas e Informacion de Salud (DEIS)
• Centro FIC Chile: https://deis.minsal.cl/centrofic/
• Repositorio documentos: https://repositoriodeis.minsal.cl

Los datos CIE-10 son de uso publico segun el Decreto 356 Exento (2017) del Ministerio de Salud que establece el uso oficial de la CIE-10 en Chile.

Desarrollo

Este paquete fue desarrollado con asistencia de Claude (Anthropic), con verificacion y validacion humana de todo el codigo y documentacion.

Contribuir

Las contribuciones son bienvenidas:

• Reporta errores en GitHub Issues
• Sugiere mejoras o nuevas funcionalidades
• Envia pull requests

Licencia

MIT (codigo del paquete) + datos CIE-10 MINSAL de uso publico

Autor

Rodolfo Tasso Suazo | rtasso@uchile.cl |

Afiliacion Institucional

Grupo de Ciencia de Datos para la Salud Publica Escuela de Salud Publica, Facultad de Medicina Universidad de Chile

Este paquete fue desarrollado como parte del trabajo del Grupo de Ciencia de Datos para la Salud Publica, dedicado a la aplicacion de metodos computacionales y estadisticos para mejorar la investigacion en salud publica en Chile.

Enlaces

• Repositorio: https://github.com/RodoTasso/ciecl
• Reportar problemas: https://github.com/RodoTasso/ciecl/issues
• DEIS MINSAL: https://deis.minsal.cl
• Centro FIC Chile: https://deis.minsal.cl/centrofic/
• API CIE-11 OMS: https://icd.who.int/icdapi