sourceR (version 0.2.0)

heatmap_types: Type effect dendrogram

Description

Creates a dendrogram and heatmap for the type effects from an object of class source_attribution. This uses the heatmap.2 function from gplots.

Usage

heatmap_types(object, iters, hclust_method = "complete", hm_colors = c("blue", "white"))

Arguments

object

an object that inherits from class source_attribution, such as a source_attribution object produced using saBayes

iters

A vector containing the iterations to be used in constructing the graph. Default is all iteraitons in posterior.

hclust_method

See ?hclust for details. Note, the clustering is done on the group of each type effect (cluster column in the posterior) not the actual values of the type effects.

hm_colors

Gives the colours for completely dissimilar (dissimilarity value of 1), and identical (dissimilarity value of 0). All other values will be in between the two chosen colours. See ?colorRampPalette for more details.

See Also

saBayes, subset_posterior, summary, flatten

Examples

##########################################################################
## Access simulated data set #############################################
##########################################################################
data(sim_SA)

##########################################################################
## Set priors ############################################################
##########################################################################

priors <- list(a = 1, r = 1, theta = c(0.01, 0.00001))

##########################################################################
## Run model #############################################################
##########################################################################

res <- saBayes(formula = Human~Source1+Source2+Source3+Source4+Source5, 
               time=~Time, location=~Location, type=~Type,
               data=sim_SA$data, priors = priors,
               alpha_conc = 1, prev = sim_SA$prev,
               likelihood_dist = "pois", n_iter = 20)
               
##########################################################################
#### Plot heatmap ########################################################
##########################################################################
heatmap_types(object = res, hm_colors = c("purple", "white"))