wq_pca: Analise de Componentes Principais (PCA) de parametros de qualidade da agua

Description

Wrapper simplificado sobre stats::prcomp() para dados de qualidade da agua. Retorna o objeto PCA, scores por amostra, contribuicao das variaveis (loadings), variancia explicada e dois graficos prontos (biplot e screeplot).

Usage

wq_pca(df, params = NULL, color_by = NULL, label_by = NULL, n_components = 4L)

Value

Uma lista com:

pca: Objeto prcomp.
scores: Tibble com scores (PC1...PCn) por amostra, mais as colunas de agrupamento (color_by, label_by).
loadings: Tibble com loadings das variaveis.
variance: Tibble com variancia explicada e acumulada por componente.

Os atributos "biplot", "screeplot" e "loadings_plot"

contem objetos ggplot.

Arguments

df: Data frame com os parametros a incluir na analise.
params: Character vector; nomes das colunas a usar. Se NULL (default), todas as colunas numericas sao usadas (excluindo lat, lon, e colunas com sufixo _ok, _status, _delta).
color_by: Character ou NULL; coluna para colorir as amostras no biplot (ex.: "ponto", "season").
label_by: Character ou NULL; coluna para rotular as amostras no biplot (ex.: "ponto").
n_components: Integer; numero de componentes a reter. Default 4.

Details

Apenas colunas numericas sao consideradas. Linhas com qualquer NA nos parametros selecionados sao removidas (com aviso). O PCA e sempre realizado sobre dados centrados e escalonados (scale. = TRUE, center = TRUE).

Os graficos sao retornados como atributos do resultado:

attr(resultado, "biplot") -- dispersao das amostras nos eixos PC1 x PC2, coloridas por color_by.
attr(resultado, "screeplot") -- variancia explicada por componente.
attr(resultado, "loadings_plot") -- contribuicao das variaveis no plano PC1 x PC2.

Examples

Run this code

# \donttest{
data("wq_demo", package = "tikatuwq")
res <- wq_pca(wq_demo, color_by = "ponto")
print(res$variance)
attr(res, "biplot")
attr(res, "screeplot")
# }